Humanista, reformátor, farár, spovedník, súčasník Majstra Pavla a predovšetkým Levočan. V tomto meste sa 16. marca roku 1481 Ján Henckel narodil Jurajovi Henckelovi a Agnese Leudenschitovej. Narodil sa v čase plnom zmien. Stará doba pomaly odznievala a nová si v spoločnosti ešte nenašla svoje trvalé miesto. Aj do Levoče začali postupne prenikať nové myšlienky nastupujúceho humanizmu a renesancie, ktoré sa v Uhorsku rýchlo presadzovali aj zásluhou Mateja Korvína a jeho talianskej manželky Beatrix Aragónskej.
Jeho rod, z ktorého pochádzali vážení a vzdelaní mešťania, v Levoči žil a pôsobil dávno pred Henckelovým narodením. Pravdepodobne boli spríbuznení s Thurzovcami. Možno tak usudzovať na základe podobnosti erbov obidvoch rodín. Mladý Ján študoval vo Viedni a pravdepodobne aj v Bologni. Na univerzitách získal titul magistra slobodných umení, a titul doktora teológie. Humanistické nasmerovanie v mladosti mu uľahčilo aj dedičstvo, ktoré získal po svojom strýkovi, ktorým bol spišský kanonik Juraj Leudenschit. Ten mu odkázal nielen peniaze na univerzitné štúdium, ale aj svoju knižnicu. Po štúdiách postupne zastával funkcie békešského archidiakona, varadínskeho a spišského kanonika. V roku 1513 sa vrátil naspäť do Levoče, kde ho 28. novembra toho istého roku mestskí zvolili za svojho farára.
Tu naplno prejavil svoju náklonnosť k humanizmu. Humanistické myšlienky prenášal aj do konzervatívnej Levoče. Práve to mu spôsobovalo u mnohých veriacich nepríjemnosti. Pravdepodobne na ich podnet bola 1. Januára 1518, prepoštom Jánom Horváthom, vykonaná na fare v Levoči vizitácia. Tá mala okrem iného za cieľ preskúmať aj nezhody medzi farárom a veriacimi. Mestská rada spolu s richtárom Jána Henckela podporila, a ako sa uvádza v Sperfogelovej kronike …“vydala o svojom farárovi najlepšie svedectvo“. Henckel využil svoje kontakty a na pozíciu rektora mestskej školy presadil anglického humanistu a erazmovca Leonarda Coxa, ktorý sa o niekoľko rokov neskôr stal vychovávateľom anglického kráľa Henricha VIII.. Aktívne sa zaujímal o dianie v Európe. Bol informovaný o reformácii prebiehajúcej v Nemecku. Svoj postoj k danej situácii, pretlmočil svojským spôsobom. V roku 1520 si objednal u Majstra Pavla z Levoče, renesančný oltár. Ten zasvätil dvom západným a dvom východným Jánom. Okrem nich však oltár venoval ešte jednému Jánovi, Jánovi Gersonovi, kancelárovi Sorbony a jednej z vedúcich postáv kostnického koncilu, ktorý odsúdil Wiklefove i Husove názory. Gerson nebol svätým, preto ho Henckel dal namaľovať na samostatnú tabuľu, ktorú umiestnil na zadnú stranu oltára. Zdá sa, že jeho postoj k reformácii bolo otvorený, prijímal nové myšlienky ale zároveň bol stúpencom reformy cirkvi ale nie ako stúpenec reformácie. Mal sporadické kontakty s Filipom Melanchtonom, jeho obdivovaným priateľom bol Erazmus Rotterdamský, s ktorým udržiaval čulú korešpondenciu, a ktorého plánoval okolo roku 1527 navštíviť.
V Levoči inicioval budovanie farskej knižnice, kde zanechal veľkú zbierku kníh. Často sa v knihách nachádza jeho ex libris, alebo záznam o tom, že kniha patrí práve jemu. Zaslúžil sa o zachovanie menších knižníc, ako napríklad knižnice Fraternity 24 spišských farárov. Tie postupne spojil do jednej. Celý súbor kníh sústredil do kostola sv. Jakuba. Dokonca tam dal roku 1515 vybudovať osobitnú miestnosť nad kaplnkou sv. Juraja, ktorá bola dokončená roku 1519. Všetky knižné exempláre nechal kvôli ochrane pripevniť k pultom reťazami. Knižnica obsahovala kódexy, inkunábuly a tlače zo začiatku 16. storočia, v celkovom počte 500 zväzkov.
V roku 1522 si ho košická mestská rada vybrala za farára ako nástupcu zosnulého Jána Röbla. Ján Henckel toto miesto prijal a spolu s ním Levoču opustil aj Leonard Cox. V Košiciach pôsobil ako farár do dva roky. Odišiel z úradu košického kňaza a stal sa dvorným kaplánom. Pravdepodobne vďaka Alexejovi Thurzovi ho na svoj dvor pozvala kráľovná Mária Uhorská – Habsburská (1505 – 1558), manželka a neskôr vdova po kráľovi Ľudovítovi II. Jagellovskom. V službách jej veličenstva nepobudol dlho. No aj napriek odchodu ostal v priazni kráľovnej. Tá sa listom z roku 1526 obrátila na pápeža s prosbou o udelenie pocty pre svojho bývalého dvorného kazateľa. Tak Henckel vďaka jej intervencii získal ponuku stať sa biskupom. Rovnakú ponuku a rovnaký post, získal aj od Jána Zápoľského. Obe ich odmietol. Chvíľu pôsobil ešte ako košický farár a opätovne vstúpil do služieb kráľovnej Márie ako jej osobný spovedník.
Možno práve v Budíne na kráľovskom dvore nadviazal kontakty s Erazmom Rotterdamským. Tento post Ján Henckel vykonával v čase, keď sa z mladej kráľovnej stala kráľovná vdova. Po neslávnej bitke pri Moháči v roku 1526 prišlo Uhorsko o kráľa a Mária Uhorská o svojho manžela. Bol to práve Henckel, kto nabádal v listoch Erazma Rotterdamského, aby upriamil svoju pozornosť na mladú kráľovnú. Snažil sa ho presvedčiť, aby sformuloval pre ňu útechu, ktorá by jej uľahčila zmierenie nad stratou manžela. Najmä vďaka Henckelovi na začiatku roka 1529 vzniká spis Vidua Christiana (Kresťanská vdova), ktorý Erazmus venoval kráľovnej s pripomenutím zásluh Jána Henckela. Okrem neho udržiaval Ján Henckel korešpondenčný styk s Filipom Melanchtonom. Osobne sa aktívne zúčastnil na augsburskom sneme v roku 1530.
Pravdepodobne v dôsledku svojich otvorených názorov a neskrývanej náklonnosti k Erazmovi Rotterdamskému, Henckel upadol do nepriazne nového panovníka cisára Karola V. Preto v roku 1531 definitívne odišiel zo služieb Márie Habsburskej a zo služieb kráľovského dvora. Presťahoval sa do Sliezska, kde pôsobil ako vroclavský kanonik a farár v Svidnici až do svojej smrti. Zomrel vo Wroclavi 5. novembra 1539.
Ján Henckel patril k výrazným postavám svojej doby. Podľa slov jeho súčasníkov bol … človekom vysokých mravných zásad… zberateľom kníh, bol múdry, vzdelaný a láskyplný človek, ktorému bola cudzia akákoľvek ctibažnosť. V neposlednom rade bol človekom hlboko veriacim a zároveň pokrokovým obhajcom univerzalizmu a humanizmu.